它能迅速形成大量的细菌和代谢产物。这些代谢产物可被植物直接吸收用于生长，并形成许多风味物质。其中有些还能在风化土壤的成土过程中发挥作用，使土壤具有水、气、肥、保温的功能。这些以有机物为食的微生物在食物微生物摄取有机物的过程中，也会将有机物分解成小分子营养物质，便于植物吸收。这些小分子有机物还有利于风化土壤的成土过程，增加土壤肥力和水、气、肥、保温功能，从而大大改善农田土壤质量。施入土壤的微生物可以分解土壤有机质，分泌一些代谢产物，如有机酸、多糖等，增加无机矿物质的溶解度，供植物吸收。这些物质可以活化磷、微量元素等。给土壤施固定肥料让植物吸收，比如钾细菌，磷细菌。具有固氮功能的微生物可以利用空气中的氮合成农作物所需的氨，供农作物合成氨基酸和含氮生物活性物质，从而合成蛋白质、代谢调节剂和各种营养物质。微生物肥料在农田中的应用具有多种功能。由于使用微生物肥料，微生物大量繁殖，影响和限制了病原微生物的繁殖。长期使用微生物肥料可以减少农田病害。一些微生物肥料中的细菌可以分泌抗菌物质，控制病原微生物的生长，减少农田病害，节省农药的使用成本。它是土壤中微生物的活性成分。它们主要依靠土壤有机质作为生存的食物，做增加土壤肥力的工作。如果没有微生物，只给土壤增加有机质，土壤肥力无法提高。石粉形成土壤，没有水，没有有机物，没有微生物，就无法形成肥沃的土壤。沙化土地缺水，有机质和微生物匮乏。缺乏有机物和微生物的沙漠即使下雨也不能含水，落在沙漠里的雨水很快被蒸发和渗漏。在沙漠里种草种树也很难生存。肥沃的黑土地上长期使用化肥，不使用有机肥，甚至焚烧有机秸秆使其无机化。因此，同时施用有机肥和微生物肥料有利于养地培肥土壤。

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